해피해킹 오토핫키 질문입니다.

오토핫키 키 리매핑 도움말은 여기 있으니 참고하세요. https://www.autohotkey.com/docs/misc/Remap.htm 이거는 별거 아니고, 키코드를 어떻게 발생시킬지가 훨씬 중요합니다. fn+오른쪽 alt가 별도의 키코드를 발생시킬지를 모르겠네요. 설명서를 보니 해당 키조합은 딱히 별도의 키로 동작하지 않는 것 같습니다. 만약 Fn+RALT를 눌러도 아무 코드도 발생하지 않거나 RALT키로만 동작한다면 말씀하신 동작은 불가능하다고 할 수 있습니다. (RALT 자체는 대체할 수 있지만 분명 이걸 한영키로 쓰시려는 생각이시겠죠.)  단, 딥스위치 조작시 RALT와 우측 다이아몬드 키 자리를 바꿀 수는 있어 보이는데 이러면 Fn+다이아몬드가 HHKB모드에서 STOP 키코드를 발생시킬테니 가능할것 같기도 합니다. 다이아몬드 키는 바꾸면 안된다면 이것도 안되겠지만요. 

한자키 사용량이 거의 없다면 키 입력 없이도 한자 변환 가능한 방법이 있기는 하니 그걸 쓰시면 되겠네요.  화면 우하단 트레이 영역 보면 "가" "한"등의 표시가 보이죠? (없으면 IME가 트레이에 나오게 설정하시고요)   거기서 "가"를 우클릭하면 한자 변환 기능이 나옵니다. 이걸 한자키와 동일한 타이밍에 누르시면 됩니다.  이미 입력된 한글을 한자로 변환하는건 한자키로도 어차피 안되고요.  한자키보다 불편하긴 하지만 아주 가끔만 쓰신다면 나쁘지 않을겁니다.