제가 해피해킹을 사용해본 적은 없지만, 일반적으로 그런 딥스위치 설정이 운영체제의 영향을 받지는 않을 텐데요...
혹시, 딥 스위치 설정시 PC와 키보드가 연결된 케이블을 분리하고 설정하셨는지요?
보통 키보드에 전원이 공급되고 있는 상태에서 딥스위치를 설정하면 그 설정이 제대로 동작하지 않을 가능성이 있습니다.
PC의 전원을 껐다고 하더라도, 요즘 일부 보드는 전원 OFF상태에서도 USB 포트로 전원이 계속 공급되기도 하니까요.
혹시 케이블을 연결한 상태에서 설정을 하셨다면, 케이블 분리하고 딥스위치를 설정한 다음 다시 연결해보시지요.